Sanık beyanları ve dosyadaki belgeler nedeniyle 6 Ocak 2012 'de tutuklanan emekli Orgeneral İlker Başbuğ 'un hakkındaki iddianame de dahil 21 ayrı iddianame birleştirildi.
Ergenekon karar duruşmasında çok sayıda sanığa ceza yağdı. Ergenekon'da çıkan ilk kararlara göre müebbet hapis cezasına çarptırılan isimler:
Emekli Orgeneral İlker Başbuğ'a müebbet hapis cezası.Başbuğ, karar okunduktan sonra tepki göstererek salonu terketti.
Ergenekon Davası sanıklarından gazeteci Tuncay Özkan'a İki kez ağırlaştırılmış müebbet, 16-80 yıl hapis isteniyordu, ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çaptırıldı. Özkan'a ayrıca diğer suçlardan 22 yıl 6 ay hapis cezası.
Emekli Tuğgeneral Veli Küçük'e 6 kez ağırlaştırılmış müebbet hapis isteniyordu, 2 kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çarptırıldı
Hurşit Tolon'a Üç kez ağırlaştırılmış müebbet, 129-219 yıl arasında hapis isteniyordu, hükümeti devirmeye teşebbüsten müebbet hapis cezasına çarptırıldı.
Emekli Albay Dursun Çiçek'e ağırlaştırılmış müebbet hapis.
Emekli Orgeneral Hasan Iğsız müebbet hapis.
Son YAŞ kararları ile emekli edilen Nusret Taşdeler müebbet hapis cezası.
Hasan Atanan Yıldırım ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası.
Kemal Kerinçsiz müebbet hapis cezası.
Mehmet Ersöz'e müebbet hapis cezası.
Emekli Orgeneral Fikri Karadağ'a müebbet hapis cezası.
Emekli Orgenral Şener Eruygur'a müebbet hapis cezası.
Mustafa Özbek'e müebbet hapis cezası
Doğu Perinçek'e ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası.
Emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin'e 2 kez ağırlaştırılmış müebbet ve 117 yıl hapis cezası.Alparslan Aslan'a 2 kez ağırlaştırılmış müebbet ve 20 yıl hapis cezası verildi.
